ศาลสงฆ์ ไม่ใช่ศาลทั่วไป แต่ได้ตั้งขึ้นมาในรูปแบบของคณะกรรมการ เพื่อพิจารณาข้อร้องเรียกและ วินิจฉัยเกี่ยวกับภิกษุสงฆ์ที่ได้กระทำความผิด ซึ่งเป็น ไปตาม กฎมหาเถรสมาคม ฉบับที่11 (พ.ศ.2521)ว่า ด้วยการลงนิคหกรรม ที่ออกโดยอาศัยอำนาจ ตามความ ในหมวด 4 นิคหกรรม และ การสละสมณเพศ มาตรา24,25,26,29 และ 30 แห่งพระราชบัญญัติ คณะสงฆ์ พ.ศ.2505 แก้ไข ฉบับที่ 2 พศ.2535
คดีเกี่ยวกับอดีตพระเทพญาณมหามหามุนี หรือ อดีตพระราชภาวนาวิสุทธิ์ หรือ “พระธัมมชโย” เจ้าอาวาสวัดพระธรรมกาย ซึ่งถูกสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก เคยมีพระลิขิตให้ต้องอาบัติปาราชิก และสิ้นความเป็นพระภิกษุในบวรพระพุทธศาสนา ตามพระลิขิตฉบับที่ 2 ลงวันที่ 26 เมษายน พ.ศ.2542 และฉบับที่ 6 ลงวันที่ 10 พฤษภาคม พ.ศ.2542 ที่ทรงระบุสถานะของพระราชภาวนาวิสุทธิ์ (สมณศักดิ์ในขณะนั้น) ว่า “อดีตเจ้าอาวาสวัดพระธรรมกาย” ซึ่งทางมหาเถรสมาคมได้มีมติให้ดำเนินการนิคหกรรม แก่พระธัมมชโย ทั้งนี้ มีพระพรหมโมลี (วิลาศ ญาณวโร ป.ธ.9) เจ้าคณะภาค 1 กรรมการมหาเถรสมาคม วัดยานนาวา เป็นประธาน
ต่อมาพระพรหมโมลี (วิลาศ) ถูกปลดออกจำตำแหน่ง ด้วยข้อหาขัดมติมหาเถรสมาคม และทางเจ้าคณะใหญ่หนกลาง คือสมเด็จพระมหาธีราจารย์ ได้มีคำสั่งตั้งให้พระธรรมโมลี (สมศักดิ์ อุปสโม ป.ธ.9) เจ้าคณะภาค 15 วัดพิชยญาติการาม ข้ามมาดำรงตำแหน่งรักษาการเจ้าคณะภาค 1 พร้อมกับตำแหน่งประธานศาลสงฆ์ในคดีพระธัมมชโยอีกด้วย
ผลของคดีความปรากฏว่า เมื่อทางศาลฎีกา ได้อนุญาตให้อัยการสูงสุด “ถอนฟ้อง” พระธัมมชโย ในวันที่ 22 สิงหาคม พ.ศ.2549 และทางศาลสงฆ์ก็ไม่ได้มีมติอะไรออกมาให้สาธารณชนได้รับทราบ
ศาลสงฆ์ตั้งขึ้นมาพิจารณาเฉพาะเรื่อง
ศาลสงฆ์ เป็นการตั้งขึ้นมาเฉพาะกิจ หากมีเรื่องร้องเรียน หรือ ต้องวินิจฉัยเกี่ยวกับภิกษุสงฆ์ที่ได้กระทำความผิด ซึ่งเป็น ไปตาม กฎมหาเถรสมาคม ฉบับที่11 (พ.ศ.2521)ว่า ด้วยการลงนิคหกรรม โดยผู้มีอำนาจในการพิจารณาขั้นต้น เป็นไปตามเขตปกครองสงฆ์ ตั้งแต่ระดับเจ้าคณะตำบล ,อำเภอ หรือ จังหวัด ไปถึงภาค ที่ต้องตั้งคณะกรรมการขึ้นมาพิจารณา
และหากเป็นพระชั้นผู้ใหญ่ กรณีพระธัมมชโย เมื่อเทียบเคียงกับ กรณีของพระยันตระ หรือ นายวินัย ละอองสุวรรณ ที่มหาเถรสมาคมเคย มีคำวินิจฉัยไปแล้วก่อนหน้านี้ ให้พ้นจากความเป็นสงฆ์ เนื่องจากถูกตั้งอธิกรณ์ผิดวินัยร้ายแรง ด้วยการล่วงละเมิดเมถุนธรรม ต้องอาบัติถึงขั้นปาราชิก
ขั้นตอนพิจารณาของศาลสงฆ์
เมื่อมีการร้องเรียน เจ้าคณะภาค ,สำนักงานพระพุทธศาสนา หรือ สำนักงานสมเด็จพระสังฆราช จะเป็นผู้พิจารณาขั้นต้น จากนั้นจะมีการประมวลเรื่องทั้งหมด เพื่อส่งต่อเข้าสู่ที่ประชุมใหญ่มหาเถรสมาคม เป็นผู้พิจารณา
ในขั้นตอนนี้ มหาเถรสมาคม จะประชุม และแต่งตั้งคณะกรรมการรวม 14 รูป เป็นพระสงฆ์จากฝ่ายธรรมยุต 7 รูป และ จากฝ่ายมหานิกาย 7 รูป ขึ้นมาพิจารณา ซึ่งเป็นไปตาม พระราชบัญญัติ คณะสงฆ์ พ.ศ.2505 แก้ไขฉบับที่ 2 พศ.2535
การไต่สวน ตาม พรบ.สงฆ์ ไม่ได้ ระบุ กรอบเวลา ว่า จะแล้วเสร็จภายในกี่วัน เมื่อเรียกทุกฝ่ายมาชี้แจงตามข้อร้องเรียนแล้ว คณะกรรมการก็จะมีการลงมติวินิจฉัย โดยอาศัยเสียงข้างมาก
เมื่อคำวินิจฉัยออกมาเป็นอย่างหนึ่งอย่างใด ผู้ถูกร้อง สามารถยื่นอุทธรณ์ได้ภายใน 30 วัน นับตั้งแต่ทราบคำวินิจฉัย เมื่อได้คำอุธรณ์แล้วคณะกรรมการก็จะส่งสำเนาให้อีกฝ่ายเพื่อแก้คำอุทธรณ์ภายใน 15 วัน รวมเป็น 45 วัน หากไม่ส่งตามกำหนด ก็ให้ดำเนินการตามข้อวินิจฉัยในข้างต้น
ซึ่งเป็นไป ตามกฎมหาเถรสมาคม ฉบับที่11 (พ.ศ.2521)ว่า ด้วยการลงนิคหกรรม ที่ออกโดยอาศัยอำนาจ ตามความ ในหมวด 4 นิคหกรรมและการสละสมณเพศ มาตรา24,25,26,29 และ 30 แห่งพระราชบัญญัติ คณะสงฆ์ พ.ศ.2505 แก้ไข ฉบับที่ 2 พศ.2535
