การชันสูตรพลิกศพเป็นกระบวนการเพื่อวินิจฉัยสาเหตุของการเสียชีวิต ระดับอาการป่วยของผู้เสียชีวิต หรือขั้นตอนการรักษาที่ส่งผลให้เสียชีวิต โดยการชันสูตรศพของผู้เสียชีวิตจะแบ่งเป็น 2 ลักษณะ คือ เป็นความต้องการของญาติ และเป็นเหตุผลจากการร้องขอตามกฎหมาย
กรณีที่ญาติต้องการให้ชันสูตรศพผู้เสียชีวิต ญาติสามารถขอให้แพทย์ชันสูตร ในกรณีเช่น ไม่พบสาเหตุการเสียชีวิตด้วยโรคประจำตัว ไม่พบสิ่งที่น่าสงสัยเกี่ยวกับการเสียชีวิตกระทันหัน เสียชีวิตส่งผลกระทบต่อเรื่องทางกฎหมาย เสียชีวิตระหว่างทดลองรักษาอาการป่วย โดยญาติสามารถจำกัดขอบเขตของการชันสูตรศพได้ และต้องลงลายเซ็นยินยอม
ส่วนกรณีที่มีการร้องขอตามกฎหมาย หรือเจ้าหน้าที่ชันสูตรศพ กรณีนี้จะสามารถดำเนินการได้โดยไม่ต้องรับอนุญาตจากญาติหรือบุคคลในครอบครัวผู้เสียชีวิต
หลังจากแพทย์ชันสูตรศพแล้ว จะต้องเขียนรายงานผลการชันสูตร โดยระบุว่า เสียชีวิตด้วยวิธีธรรมชาติ (ป่วยเป็นโรคอื่นๆ หรือเสียชีวิตตามอายุขัย) หรือเสียชีวิตผิดธรรมชาติ (ฆาตกรรม ฆ่าตัวตาย ประสบอุบัติเหตุ หรือไม่สามารถระบุได้) รายงานผลชันสูตรประกอบด้วยข้อมูลเกี่ยวกับสาเหตุการเสียชีวิต ขั้นตอนการชันสูตรศพข้อวินิจฉัยทางการแพทย์ และความสอดคล้องกันระหว่างผลการตรวจของแพทย์ที่รักษาผู้ป่วย และผลการชันสูตรจากแพทย์นิติเวช ซึ่งเป็นประโยชน์ในการตอบข้อสงสัยของญาติ
สำหรับขั้นตอนการตรวจสอบภายในร่างกายนั้น แพทย์จะต้องนำอวัยวะภายในส่วนนั้นๆ ออกมาชั่งน้ำหนัก และมีการตรวจสอบรายละเอียดในขั้นตอนต่อไป บางครั้งอวัยวะอาจถูกนำออกมาเดี่ยวๆ (Virchow technique) หรืออาจนำออกมาหลายส่วนในคราวเดียวกัน (Rokitansky technique) และถ้าอวัยวะภายในโดยเฉพาะส่วนสมอง จะถูกแช่ในฟอร์มาลินเป็นเวลาหลายวัน หรืออาจจะหลายอาทิตย์ ก่อนที่จะทำการตัด ฟอร์มาลินช่วยเก็บรักษาอวัยวะและในขณะเดียวกันก็ทำให้อวัยวะนั้นๆแน่นกระชับขึ้น ซึ่งช่วยให้การผ่าตัดทำได้แม่นยำมาก
ตัวอย่างของเนื้อเยื่อ จะถูกเก็บออกมาจากอวัยวะภายในต่างๆ ส่วนเศษอาหารภายในกระเพาะก็ต้องนำมาทดสอบด้วย นอกจากนี้ ของเหลวภายในร่างกาย เช่น ปัสสาวะ เลือด ก็จะถูกนำมาทดสอบเพื่อหาร่องรอยของยาเสพติด การติดเชื้อ สารเคมีต่างๆ ขึ้นอยู่กับจุดประสงค์ของการชันสูตรศพในครั้งนั้นๆ นักพยาธิวิทยาจะเก็บรักษาบางส่วนของอวัยวะชิ้นนั้นๆ ไว้ หากพบว่ามันผิดปกติ
หลังการตรวจสอบแล้ว อวัยวะต่างๆ จะถูกนำกลับมาคืนสูร่างกาย (แต่บางชิ้นอาจถูกเก็บรักษาไว้เพื่อใช้งานในอนาคต หรือเพื่อไว้เป็นหลักฐาน) หรือถูกนำไปเผา ตามกฏหมายหรือตามความประสงค์ของครอบครัวของผู้ตายกระดูกหน้าอก และซี่โครงก็จะถูกนำไปประกอบไว้ที่เดิมเช่นกัน ก่อนที่ศพจะถูกเย็บปิดบาดแผลผ่าชันสูตร ศพจะถูกรายล้อมด้วยสำลี หากมีอวัยวะที่ต้องนำกลับคืนสู่ศพ อวัยวะนั้นจะถูกห่อด้วยถุงก่อนเพื่อป้องกันการรัวไหล จากนั้นศพจึงถูกเย็บปิดบาดแผล ทำความสะอาด เพื่อเตรียมสู่กระบวนการทางศาสนาต่อไป
โดยกรณีนี้มีการชันสูตรตามความต้องการของญาติ แพทย์ที่ดูแลและทำการรักษาผู้เสียชีวิต จะเป็นผู้ลงชื่อในใบมรณบัตรของผู้เสียชีวิต ซึ่งอาจออกใบมรณบัตรเรียบร้อยก่อนจะทราบผลชันสูตร
แต่ถ้า เป็นกรณีที่มีการชันสูตรตามการร้องขอจากกฎหมาย แพทย์นิติเวช หรือเจ้าหน้าที่ชันสูตรศพ จะระบุสาเหตุการเสียชีวิต และลงชื่อในใบมรณบัตรให้แก่ผู้เสียชีวิตเอง
