หลังมีการจัดระเบียบ ภายในสำนักพุทธฯ โดยเฉพาะการทุจริตเงินทอนวัด ทำให้ พ.ต.ท.พงศ์พร ในสมัยเป็นผู้บัญชาการสำนักคดีภาษีอากร กรมสอบสวนคดีพิเศษ เข้ามาช่วยดำเนินการ จากนั้นก็มีการย้ายให้ พ.ต.ท.พงศ์พร ไปผู้ตรวจราชการประจำสำนักนายกรัฐมนตรี ในพื้นที่ 5 จังหวัดชายแดนภาคใต้ จนถูกมองว่า การสั่งย้ายครั้งนี้อาจจะมีอะไรแอบแฝง ทำให้ พ.ต.ท.พงศ์พร ทำหนังสือว่าการสั่งย้ายครั้งนั้นไม่เป็นธรรม ล่าสุดเมือ่วานนี้มติ ครม. ให้คืนตำแหน่ง ผอ.สำนักพุทธฯ ให้กับ พ.ต.ท.พงศ์พร ทำให้สังคมเกิดข้อสงสัย วันนี้ นายวิษณุ ได้ออกมาชี้แจงว่า การยกเลิกมติ ครม. เดิมไม่ใช่เรื่องใหม่ เคยทำในอดีต ส่วนเหตุให้ พล.อ.ธนะศักดิ์ ดูแล พศ. เพื่อให้เกิดความเรียบร้อย
นายวิษณุ เครืองาม รองนายกรัฐมนตรี ฝ่ายกฎหมาย กล่าวถึงกรณีคณะรัฐมนตรี (ครม.) มีมติเห็นชอบแต่งตั้ง พ.ต.ท.พงศ์พร พราหมณ์เสน่ห์ กลับมาปฎิบัติหน้าที่ผู้อำนวยการสำนักพระพุทธศาสนาแห่งชาติ (พศ.) ซึ่งจะมีผลเมื่อทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้ง จากเดิมที่ ครม. มีมติให้ นายมานัส ทารัตน์ใจ อธิบดีกรมการศาสนา มาดำรงตำแหน่ง ผอ.พศ. แต่รัฐบาลยังไม่ได้นำขึ้นทูลเกล้าฯ ว่า มติใหม่นี้เป็นการยกเลิกมติเก่าไปโดยปริยาย ส่วนอธิบดีกรมการศาสนาที่จะมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการ พศ. แทนแต่เดิมนั้นจึงไม่ต้องมาดำรงตำแหน่งนี้แล้ว
ส่วนเรื่องที่ พ.ต.ท.พงศ์พร ไม่มีความผิด ได้ยืนยันมาตั้งแต่เดือนสิงหาคมแล้ว ส่วนการทำหนังสือแย้ง ไม่ได้มีผลต่อการพิจารณาคืนตำแหน่ง ซึ่งเคยทำแบบนี้หลายครั้งในอดีต ไม่ได้เป็นเรื่องแปลกใหม่
นายวิษณุ กล่าวถึงกรณีนายกรัฐมนตรีให้ พล.อ.ธนะศักดิ์ ปฏิมาประกร รองนายกรัฐมนตรีดูแลสำนักงานพระพุทธศาสนา ว่า เนื่องจากเห็นปัญหาขององค์กรจึงต้องทำให้เกิดความเรียบร้อยในช่วงเวลานี้ก่อน ซึ่งต่อไปอาจจะปรับเปลี่ยนอีก เช่น ให้กรมการศาสนาและสำนักพุทธฯ ทำงานสอดคล้องกัน เพราะทุกวันนี้มีหน่วยหนึ่งดูวัดอีกหน่วยหนึ่งดูพระ ซึ่งคิดว่าการดูแลวัดและพระควรเป็นหน่วยงานเดียวกัน จึงให้ พล.อ.ธนะศักดิ์ เป็นคนเดียวที่มี 2 สถานะในการกำกับดูแล ซึ่งได้หารือเรื่องนี้กันมาระยะหนึ่งแล้ว ยืนยันว่าไม่ได้เป็นการโยนเรื่องให้ใครรับผิดชอบ
