นักศึกษาปริญญาโท 2,500 คน ที่เรียนสาขาบริหารการศึกษา จากมหาวิทยาลัยกรุงเทพธนบุรี แต่ว่าไปสมัครสอบเพื่อเป็นผู้บริหารสถานศึกษาที่ไหนไม่ได้ เพราะจะไม่ได้รับใบอนุญาตประกอบวิชาชีพ เนื่องจากมหาวิทยาลัยรับนักศึกษามากเกินไป ตัดสินใจดำเนินการทางกฎหมาย เพื่อเรียกค่าเสียหายจากมหาวิทยาลัย โดยขอความช่วยเหลือจากสภาทนายความหาทนายเพื่อสู้คดีให้
นักศึกษาปริญญาโทรุ่นปี 2557 ของมหาวิทยาลัยกรุงเทพธนบุรี ระบุว่าได้รับความเสียหาย ต้องอับอายต่อสังคม ที่เรียนในหลักสูตรที่คุรุสภาจะไม่ออกใบอนุญาตประกอบวิชาชีพให้ ทำให้เสียโอกาสที่จะได้เป็นผู้บริหารสถานศึกษาตามหลักสูตรที่ได้เรียนมา
โดยนายธวัช บุตรศรี ตัวแทนนักศึกษาบอกว่า ต้องการที่จะดำเนินการทางกฎหมาย เพราะนอกจากจะเสียเวลาเรียนแล้ว ยังต้องเสียเงินเนื่องจากต้องจ่ายค่าเทอมทั้งหลักสูตร รวมเป็นเงินถึง 147,000 บาท
หนังสือที่ส่งให้สภาทนายความพิจารณามีข้อความขอความอนุเคราะห์ทนายคุ้มครองสิทธิ์ช่วยเหลือในการดำเนินคดี ระบุว่าคณะนักศึกษา หลักสูตรศึกษาศาสตร์ สาขาบริหารการศึกษามหาบัณฑิต ปีการศึกษา 2557 ของมหาวิทยาลัยกรุงเทพธนบุรี ทราบว่าคณะกรรมการคุรุสภามีมติไม่อนุมัติใบประกอบอาชีพผู้บริหารสถานศึกษา ซึ่งเป็นไปตามมติที่ประชุมคณะกรรมการคุรุสภา วันที่ 31 ตุลาคม 2559 และวันที่ 15 มีนาคม 2560 แก่นักศึกษาหลักสูตรศึกษาศาสตร์ สาขาบริหารการศึกษามหาบัณฑิต ปีการศึกษา 2557 ของมหาวิทยาลัยกรุงเทพธนบุรี
เนื่องจากมหาวิทยาลัยรับนักศึกษาเกินจำนวนจากแผนการจัดการเรียนการสอนที่ยื่นให้สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา ซึ่งตามแผนฯกำหนด 490 คน แต่มหาวิทยาลัยรับจริง 2,500 คน เกินกว่าแผนถึง 5 เท่า และนักศึกษาก็ไม่ทราบมาก่อนว่าทางมหาวิทยาลัยกรุงเทพธนบุรีรับนักศึกษาเกินจากแผนฯ ส่งผลให้นักศึกษาจำนวนมาก ได้รับผลกระทบจากปัญหานี้ เช่นสูญเสียทรัพย์สินเวลา โอกาสในหน้าที่การงานและเกิดความเสื่อมเสียอับอายต่อสังคม
หลังจากทราบข่าวแล้วนักศึกษาก็ไม่ได้นิ่งนอนใจ มีการติดต่อผู้ที่เกี่ยวข้องทุกฝ่ายไม่ว่าจะเป็นคุรุสภา สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา และมหาวิทยาลัยกรุงเทพธนบุรี เพื่อขอความช่วยเหลือและดำเนินการในส่วนที่เกี่ยวข้อง แต่ก็ยังไม่สามารถหาข้อยุติได้นั้น
คณะนักศึกษามีความประสงค์ขอความอนุเคราะห์ให้ทางสภาทนายความ ในพระบรมราชูปถัมภ์เข้ามาช่วยเหลือ ในการเรียกร้องขอความเป็นธรรมตามขอบเขตของกฎหมายที่สามารถกระทำได้ และดำเนินการในส่วนอื่นๆที่เกี่ยวข้อง จากการที่มหาวิทยาลัยกรุงเทพธนบุรีทำผิดเงื่อนไขในการรับนักศึกษา และจัดการเรียนการสอนไม่เป็นไปตามแผนการจัดการเรียนการสอนที่ยื่นต่อสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา ทำให้ที่ประชุมคณะกรรมการคุรุสภามีมติไม่อนุมัติใบประกอบวิชาชีพผู้บริหารสถานศึกษา ส่งผลให้นักศึกษาได้รับผลกระทบ และเกิดความเสียหาย
ตามขั้นตอนการแล้ว สภาทนายความจะต้องศึกษาข้อมูลจากนักศึกษาปริญญาโทซึ่งเป็นผู้ร้อง อย่างไรก็ตามก็จะนัดทั้งมหาวิทยาลัยกรุงเทพธนบุรีและนักศึกษา มาพูดคุยเพื่อไกล่เกลี่ยกันก่อน โดยนายเสาวภักดิ์ สกุลโรมวิลาส อุปนายก ฝ่ายช่วยเหลือทางกฎหมายของสภาทนายความบอกว่า ถ้าไกล่เกลี่ยไม่สำเร็จ จึงจะถึงขั้นตอนที่สภาทนายความจะพิจารณาว่าจะช่วยเหลือ จัดหาทนายความเพื่อฟ้องร้องเรียกค่าเสียหายตามที่นักศึกษาปริญญาโท มหาวิทยาลัยกรุงเทพธนบุรีต้องการได้หรือไม่ โดยจะนำเข้าสู่การพิจารณาของสภาทนายความในวันที่ 20 เมษายน 2560
ปัญหาของนักศึกษา หลักสูตรศึกษาศาสตร์มหาบัณฑิต สาขาวิชาบริหารการศึกษา รุ่นปี 2557 ของมหาวิทยาลัยกรุงเทพธนบุรี ยืดเยื้อมานาน โดยในเดือนตุลาคมปี 2559 คุรุสภาระบุว่าไม่สามารถออกใบอนุญาตประกอบวิชาชีพผู้บริหารการศึกษาให้ได้ เนื่องจากมหาวิทยาลัยกรุงเทพธนบุรีรับนักศึกษาหลักสูตรนี้มากเกินกว่าที่ขอมาถึง 5 เท่า โดยยื่นขอกับคุรุสภาว่าจะรับนักศึกษา 490 คน แต่รับจริงถึง 2500 คน
เมื่อตรวจสอบก็ไม่มีหลักฐานยืนยันได้ว่า นักศึกษามาเรียนจริง และเมื่อมีนักศึกษาจำนวนมากก็ต้องจัดการเรียนถึง 64 กลุ่มต่อสัปดาห์ ส่วนการสอนแม้จะแจ้งว่ามีอาจารย์ประจำ 231 คน และนำหนังสือสัญญาจ้างมาแสดง แต่กลับไม่มีหลักฐานยืนยันว่าอาจารย์ได้มาสอนจริง
แม้ต่อมามหาวิทยาลัยกรุงเทพธนบุรีจะอุทธรณ์ขอเปลี่ยนเป็นการอบรมนักศึกษาเพิ่มเติม แต่คุรุสภามองว่าไม่เคยอนุญาตให้หลักสูตรการศึกษาในสถานศึกษาใด ใช้เกณฑ์การอบรมเพื่ออนุมัติใบประกอบวิชาชีพมาก่อน จึงไม่รับอุทธรณ์
เมื่อวันที่ 20 มีนาคม 2560 นพ.ธีระเกียรติ เจริญเศรษฐศิลป์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ กล่าวถึงกรณีนักศึกษามหาวิทยาลัยกรุงเทพธนบุรีออกมาเรียกร้องให้มหาวิทยาลัยกรุงเทพธนบุรี จ่ายค่าชดเชยที่ทำให้เสียสิทธิ์ไม่สามารถสอบแข่งขันเพื่อบรรจุแต่งตั้งผู้บริหารสถานศึกษา สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานได้ ซึ่งที่ประชุมคณะกรรมการคุรุสภา ได้พิจารณาและมีมติไม่รับรองหลักสูตรสมัยพล.อ.ดาว์พงษ์ รัตนสุวรรณ ดำรงตำแหน่งรมว.ศึกษาธิการ จึงถือว่าเป็นอันสิ้นสุด ส่วนการเยียวยานักศึกษาก็เป็นเรื่องของมหาวิทยาลัยที่จะต้องรับผิดชอบ แต่ถ้ามหาวิทยาลัยไม่สนใจ นักศึกษาสามารถแจ้งความดำเนินคดีทางอาญาได้ หรือยื่นให้สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา ให้ลงไปตรวจสอบมหาวิทยาลัยกรุงเทพธนบุรีได้ เพราะเรื่องนี้เป็นปัญหาเรื่องธรรมาภิบาล